Está ubicado en el ex convento de San Miguel Zinacantepec, construido durante el siglo XVI por la orden de los franciscanos. Mantuvo esa función hasta 1860, año en que fue convertido en casa cural. Fue declarado monumento nacional en 1934 y restaurado de 1977 a 1980. Abrió sus puertas como museo el 5 de julio de ese año, con el objetivo de preservar y difundir el acervo colonial y virreinal del poblado de Zinacantepec, cuyo nombre en lengua náhuatl significa en el cerro del murciélago. El complejo arquitectónico del museo está conformado por atrio, capilla abierta, bautisterio, anteportería y portería, claustro bajo, sala de profundis, anterrefectorio y refectorio, alacena, cocina, despensa, claustro alto, pasillo ambulatorio, celdas (dos normales y una principal), biblioteca, sala de virreyes, corredor de claustro alto, celda de oración o sala de capítulos, sala de visitas importantes y sala de exposiciones temporales. Se trata, en síntesis, de 20 salas permanentes en las que a través de pinturas, objetos y utensilios antiguos de uso cotidiano, se recrea la vida en los conventos franciscanos en el valle de Toluca. Cuenta con auditorio y librería. Organiza visitas guiadas, conciertos, conferencias y presentaciones editoriales.