Este museo fue creado con el propósito de mostrar las características del inmueble que ocupa, que data del siglo XVI, así como piezas arqueológicas provenientes del lugar. El recinto trata dos temas principales: el proceso de restauración del ex convento agustino y su investigación y una reseña histórica del lugar a través de fotografías. Dividido en tres salas, exhibe de manera permanente una rica colección de objetos prehispánicos, entre ellos malacates, vasijas domésticas y ceremoniales, puntas de proyectil de obsidiana y otras piedras, parte de una columna y una amplia muestra fotográfica sobre el proceso de restauración del inmueble.