Forma parte de las instalaciones del Centro Regional Apaxco. Fue inaugurado el 13 de octubre de 1990 con el objetivo de conservar y difundir el acervo arqueológico del lugar. El concepto museográfico fue realizado por la Dirección de Arqueología del Instituto Mexiquense de Cultura y su acervo consta de más de 500 piezas de las culturas prehispánicas del centro de México y de la Colonia, entre las que destaca una escultura de Quetzalcóatl del Posclásico tardío. Cuenta con dos salas permanentes y una temporal. Ofrece visitas guiadas, conferencias, presentaciones editoriales, diplomados, talleres y concursos de arte.