El edificio que lo alberga, de estilo art nouveau, fue armado entre 1903 y 1905 con hierro, tabique prensado y cristal procedentes de Alemania. Fue traído a México por la Compañía Mexicana de Exposiciones Permanentes, S.A., para presentar exposiciones de tipo industrial. En aquellos tiempos era conocido como Palacio de Cristal, debido a los grandes vitrales que dotan de luz a sus tres naves. Fue sede del Museo Nacional de Historia Natural de 1913 a 1964 y albergó, entre otras piezas de importancia, una reproducción ósea del diplodocus, dinosaurio del periodo jurásico; por tal motivo, el espacio escénico isabelino que se encuentra en su interior lleva el nombre de Foro El Dinosaurio.

En 1973, después de nueve años de abandono, la Universidad Nacional Autónoma de México promueve su rescate y restauración, con la finalidad de convertirlo en un centro de difusión del arte y la cultura. Fue inaugurado en 1975 y desde entonces presenta exposiciones de artes visuales de vanguardia, obras de teatro experimental y otros eventos de arte alternativo, generalmente a cargo de artistas jóvenes. Entre sus muestras permanentes destacan el Gabinete de Curiosidades, con ejemplares raros como las pulgas vestidas, y el Monumento al Ser Urbano, serie de esculturas humanoides ubicadas en diversas áreas del museo. Cuenta con servicio de visitas guiadas y libro club.