El edificio que alberga al Museo de la Luz, construido por la Compañía de Jesús entre 1576 y 1603 como parte importante del Colegio Máximo de México y llamado de San Pedro y San Pablo, funcionó como templo durante 164 años, hasta la expulsión de los jesuitas.

En este sitio se instaló el Congreso Constituyente el 24 de febrero de 1822. El 21 de mayo del mismo año el general independentista Agustín de Iturbide pronunció juramento ante él. Cuando el Congreso se mudó a Palacio Nacional, el inmueble fue utilizado como biblioteca, colegio militar, cuartel, almacén de forrajes, café cantante y escuela correccional, entre otros.

En 1922 José Vasconcelos instaló la Sala de Discusiones Libres y encomendó a Jorge Enciso y a Roberto Montenegro la decoración de pilastras, arcos y bóvedas. A este último debemos el mural llamado Árbol de la ciencia o Árbol de la vida que aún se disfruta dentro del edificio. En la capilla cupulada se encuentra El zodiaco, obra pintada por Xavier Guerrero. A la fecha se conservan los vitrales diseñados por ellos y construidos por Eduardo Villaseñor.

De 1944 a 1977 albergó a la Hemeroteca Nacional. Tras casi 20 años de abandono, la UNAM otorgó el uso del edificio a Universum para fundar el Museo de la Luz. A partir del 18 de noviembre de 1996, es un espacio donde la luz es la protagonista principal.