En este espacio el visitante puede apreciar una de las mejores colecciones de artes decorativas de México, conformada por piezas de los siglos XVI al XIX procedentes de México, Europa y Oriente. Platería, cerámica, mobiliario, textiles, escultura y pintura son los géneros más importantes en exhibición.

En el claustro del ex hospital de San Juan de Dios, que por sí es uno de los atractivos del museo, se montan exposiciones temporales y es paso necesario para conocer las tres salas ambientadas de la época virreinal: un comedor, un gabinete y una capilla.

En el claustro alto se encuentra la biblioteca, cuyo acervo es de más de 14 mil volúmenes, colección que incluye libros antiguos y únicos, documentos históricos y 800 ediciones distintas de El ingenioso hidalgo don Quijote de la Mancha.

El Museo Franz Mayer ofrece visitas guiadas, cursos, conferencias, conciertos, presentaciones de libros, espectáculos, talleres infantiles, cafetería decorada con cerámica de la colección, tienda librería y estacionamiento.

El edificio sede del museo fue fundado en 1582 por Pedro López y funcionó por cuatro siglos como hospital de la Orden de San Juan de Dios, mejor conocido como Hospital de la Mujer. Se ubica en la Plaza de la Santa Veracruz, junto al Museo Nacional de la Estampa.