Es un monumento nacional, declarado en 1933, que está asentado sobre un basamento prehispánico. Construido por la Orden de San Agustín a partir de 1539, el complejo arquitectónico luce por su fachada, considerada por los especialistas en historia del arte como la joya del plateresco en América. También se caracteriza por su pintura mural, que es de las más tempranas en ejecutarse en América Latina.

La superficie del conjunto abarca 2.5 hectáreas entre construcción y espacios abiertos.  El complejo tiene dos plantas con dos claustros de diferentes estilos arquitectónicos, y también diversas estancias como cocina, refectorio, anterrefectorio, sala de profundis, celdas, sala capitular, capilla abierta y biblioteca al interior; cuenta con atrio, capilla posa y una cruz atrial de manufactura tequitqui. El templo está abierto al culto público.

De estilo plateresco, la fachada del templo posee una nave de lunetos y ábside con nervadura gótica, además de pintura mural del siglo XVI; en el ábside se representan a personajes importantes: obispos, cardenales y frailes, profetas del antiguo testamento y santos con el hábito agustino.

En su interior  permanece un retablo dorado de estilo barroco salomónico, con pintura sobre madera del siglo XVI que presumiblemente pertenecía al retablo principal. Los retablos de la nave también son de estilo barroco y son tres: dos laterales y uno principal.