Inaugurado en octubre de 1994, resguarda una colección de piezas prehispánicas halladas durante diversas construcciones en la colonia San Miguel Teotongo: objetos de barro, restos óseos y navajas de obsidiana, principalmente.

Entre el acervo que exhibe destacan la osamenta de un personaje prehispánico y un mural alusivo a la organización social de los mexicas. Organiza talleres y eventos artísticos.