El Museo de Sitio de la Secretaría de Educación Pública se encuentra ubicado en el edificio sede de la SEP, a un lado del mural de Diego Rivera llamado La entrada a la mina. Este espacio surge con el propósito de exhibir los objetos y vestigios del pasado, descubiertos en los años de 1989 a 1991 durante los trabajos de restauración a los inmuebles que conforman el conjunto arquitectónico.

Se encuentra dividido en tres áreas: época prehispánica, época colonial y época moderna. En la primera podemos observar, entre otras piezas, un fragmento de un colosal cuauhxicalli dedicado al Señor Tlaltecutli, dios o diosa de la tierra, también conocido como El Monstruo Sagrado de la Tierra. En la segunda se encuentran objetos de uso cotidiano de las monjas, como son: trastecitos de las niñas que acudían a clases al Convento de la Concepción, piezas de una vajilla de porcelana de la Dinastía Ming, traída a tierras de la Nueva España por la Nao de China, platos, tazas y cucharas, al igual que objetos religiosos y esqueletos ataviados con diversos objetos, entre los que destacan el ajuar integrado por una corona y un ramo de flores. En la última podemos observar el proceso de transformación y adaptación de los espacios de este edificio colonial mediante una muestra fotográfica, así como un librero que resguarda muestras de las primeras publicaciones que sirvieron al licenciado José Vasconcelos, primer secretario de Educación, para la alfabetización. Las fotografías detallan capítulos de la reestructuración del conjunto arquitectónico y el proceso de restauración del mural dañado por el paso del tiempo y por el sismo de 1985. La sala concluye con una majestuosa maqueta del inmueble público.