El antiguo colegio de San Francisco Javier alberga el Museo Nacional del Virreinato perteneció durante los siglos XVI, XVII y XVIII a los jesuitas en la Nueva España.

Sus características particulares hicieron del colegio jesuita el sitio idóneo para albergar un museo nacional que resguardara la historia del México virreinal. 

Al nuevo museo se le dotó de un acervo con numerosas piezas de valor artístico e histórico que, por su variedad y calidad, pronto constituyeron una de las colecciones más importantes, incluyendo pintura, escultura y artes aplicadas como la platería, la cerámica, la porcelana, el vidrio, la herrería, las lacas, los textiles, la plumaria, etc.

En 1964, bajo el mandato presidencial de Adolfo López Mateos, el Museo Nacional del Virreinato fue inaugurado y desde entonces muestra al visitante dos espacios distintos y complementarios: el museo de sitio y el museo histórico. El museo de sitio ocupa la construcción original del colegio y muestra la historia de la Compañía de Jesús, así como la evolución estilística del edificio. El museo histórico lo componen las salas de exposición permanente que informan sobre la historia del México virreinal, desde el siglo XVI hasta el siglo XVII.