Resguarda parte de la colección de Estelas Grabadas halladas en la zona arqueológica, que muestran el desarrollo del sistema de escritura durante las cuatro fases de ocupación zapoteca de este sitio arqueológico (500 a.C.- 800 d.C.). Con una selección de piezas proveniente en su mayoría del Proyecto Especial de Arqueología 1992-1994, el Museo de Sitio introduce a los visitantes en todos aquellos temas relevantes del mundo zapoteco prehispánico: arquitectura, cronología, cerámica, escritura, comercio y prácticas funerarias.