El 11 de diciembre de 1983, la Casa de los Muñecos fue adquirida por la Universidad Autónoma de Puebla (BUAP), e instala en ese espacio el Museo Universitario. Debido a los diversos usos que tuvo el inmueble, fue necesario remover varias paredes hasta lograr prácticamente la distribución original.

Más de tres mil piezas integran las colecciones de arte entre muebles, yeserías, que provienen desde la época del Colegio del Espíritu Santo y La Antigua Academia de Bellas Artes. Destacan las obras de grandes pintores como Cristóbal de Villalpando, Luis Rodríguez de Alconedo, Juan Tinoco, Diego de Borgraf, Miguel Cabrera, entre otros, además de ciertas piezas donadas por pintores contemporáneos que han expuesto en las salas de este museo y que constituyen el acervo actual.

Este hermoso recinto cuenta con espacios para galerías de exposiciones temporales, un auditorio y tres patios que dan amplitud a las instalaciones.