La antigua casa que ocupa el museo fue habitada por el general José María Morelos y Pavón en compañía de sus principales generales durante el sitio de Cuautla, a partir del 19 de febrero al 2 de mayo de 1812. El 2 de febrero de 1933 el inmueble es declarado monumento nacional, y pasó a la custodia del Instituto Nacional de Antropología e Historia que inició su restauración tratando de conservar su aspecto original. 

El 30 de septiembre de 1965 se abre por primera vez al público como museo temático sobre el Sitio de Cuautla y la presencia en la población del General José María Morelos y Pavón. Del año 2010 al 2011, se inició otra restauración con el objetivo de celebrar el bicentenario de la Independencia y el Centenario de la Revolución Mexicana. La temática museográfica giró alrededor de dos personajes: el Generalísimo José María Morelos y Pavón y el General Emiliano Zapata.

En las primeras salas se presenta un panorama general de la población de Cuautla, datos personales de José María Morelos y Pavón su llegada a la población y el inicio del sitio de Cuautla, salida de la población, el documento titulado Sentimientos de la Nación, su captura y muerte.